Dự án này được UBND tỉnh cấp GCNĐT ngày 27/9/2009 với tổng vốn đầu tư 1.240 tỷ đồng, theo đó tiến độ thực hiện dự án gồm 02 giai đoạn: Giai đoạn 1: khoảng 70 ha khởi công xây dựng trong tháng 12/2009 hoàn thành 12/2011; giai đoạn 2: Phần diện tích còn lại tiếp tục triển khai thực hiện và hoàn thành vào tháng 12/2014. Tuy nhiên, đến nay, dự án mới chỉ thực hiện đầu tư hoàn thiện hạ tầng kỹ thuật 37ha/106,64ha đất xây dựng hạ tầng kỹ thuật theo quy hoạch. Theo báo cáo của chủ đầu tư, nguyên nhân chậm tiến độ là do dự án đang triển khai gặp thời kỳ khủng hoảng bất động sản. Ngoài ra, UBND tỉnh có chủ trương thu hồi một số vị trí của dự án để xây dựng bến xe mới, mở rộng đường Trần Khánh Dư, công viên Thiên Bút; các chủ trương này ngoài việc tạo sức hút thêm cho dự án thì còn ảnh hưởng đến việc giảm qui mô và cần thời gian để điều chỉnh qui hoạch, điều chỉnh dự án, giao đất, tính tiền sử dụng đất... ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện dự án.

Theo phê duyệt Quy hoạch chi tiết ban đầu, dự án khu đô thị mới Phú Mỹ là dự án xây dựng nhà ở để kinh doanh. Kết quả chỉ thực hiện xây dựng xong phần móng đối với 116 căn, trong đó có 52 căn đã xây dựng phần thân. Trong quá trình thực hiện dự án UBND tỉnh đã ban hành Quyết định số 1607/QĐ-UBND ngày 12/9/2015 cho phép Tổng Cty được chuyển nhượng quyền sử dụng đất đã đầu tư hạ tầng để người dân tự xây dựng nhà 768 lô/9,72 ha. Vừa qua UBND tỉnh tiếp tục có văn bản xin ý kiến Bộ Xây dựng cho phép chuyển nhượng quyền sử dụng đất đã đầu tư hạ tầng để người dân tự xây dựng nhà đối với 329 lô đất còn lại của dự án. Đến nay đã chuyển nhượng được 71 lô, chiếm tỷ lệ 9,2%  trên tổng số lô đất đã được UBND tỉnh cho phép chuyển nhượng để người dân tự xây dựng nhà, hiện tại người nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất vẫn chưa thực hiện xây dựng nhà.